L'assurance frontalier concerne tout d'abord l'assurance maladie. C'est le point le plus important des préoccupations du frontalier.
 
Cette assurance maladie regroupe deux domaines distincts :

L’assurance pour les frais médicaux, pharmaceutiques et hospitaliers,
L’assurance des indemnités journalières pour perte de gain en cas de maladie.

Pour le législateur suisse, la première est obligatoire, la seconde est facultative.

L'assurance frontalier concerne en grande partie l'assurance des frais médicaux.

Les règles n’ont pas toujours été les mêmes car les changements législatifs n’ont fait que se succéder :
LAMal (Loi sur l’Assurance Maladie) en 1994,
CMU (Couverture Maladie Universelle - assurance maladie obligatoire sous critère de résidence en France) en 2000,
Accords bilatéraux Union Européenne/Suisse en 2002.

Aujourd’hui, la réglementation permet de choisir entre s’assurer en Suisse ou en France. C’est le «droit d’option» du frontalier (ou du rentier qui bénéficie d’une rente suisse et qui réside en France), avec, dans le cadre de l’assurance maladie en France, la possibilité dérogatoire de s’assurer auprès d’un assureur privé, et non de la Sécurité Sociale (CMU).

Il était prévu que ce libre choix CMU/Assurance privée devait s'éteindre au 1er juin 2009. Le délai a été reporté au 31 mai 2014.

Beaucoup d’entreprises ont souscrit une assurance collective au profit de leurs employés, soit auprès de caisses maladie suisses, soit auprès de caisses privées.
Les prestations sont fonction de la convention collective de travail. Selon les secteurs d’activité et selon l’ancienneté, des différences importantes peuvent exister.

En cas de maladie, sans assurance collective avec garantie perte de gains, le versement du salaire du frontalier se fait pendant un temps limité qui est fonction des années de travail.

Par exemple :
3 semaines la première année de travail (pour un contrat de plus de 3 mois),
1 mois de salaire durant la deuxième année de travail,
2 mois de salaire les 3ème et 4ème année, jusqu’à 6 mois à partir de 20 années de travail.

	Remarque : Pour l’accident, le versement du salaire se traduit pas une indemnité journalière à hauteur de 80 % du gain assuré pendant l’incapacité de travail. En cas d’invalidité totale, 80 % du gain assuré, avec des plafonds, conjointement aux rentes AI (Assurance Invalidité) et LPP (Loi sur la Prévoyance Professionnelle).

Il est donc indispensable de connaître l’étendue de la couverture prévoyance en cas d’arrêt maladie ou d’accident, ou plus grave encore, en cas d’invalidité ou de décès.

La souscription d’indemnités journalières, d’une rente d’invalidité, d’un capital invalidité en cas d’accident ou de maladie, voire d’un capital décès, font également partie de l'assurance frontalier à prendre en compte.